Исполнил премьеры скрипичных произведений как зарубежных, так и российских композиторов — Дьердь Лигети, Джачинто Шельси, Феликса Янова-Яновского, Алексея Рыбникова, Кирилла Уманского и других. В 2022 году вместе с Оркестром центра современной музыки Софии Губайдулиной (Казань) записал альбом скрипичных произведений отечественных авторов в рамках проекта Союза композиторов России «Звуковой обзор».
Важная составляющая скрипичного творчества Станислава Малышева — игра в составе струнного квартета. Ансамбль возвращает слушателям забытые имена ХХ века ― Мечислава Вайнберга, Ивана Вышнеградского, Артура Лурье, Льва Книппера, Сергея Протопопова, Александра Мосолова, Николая Рославца ― и открывает новые ― Йорга Видманна, Брайса Десснера, Габриэля Прокофьева, Настасьи Хрущевой, Эльмира Низамова, Павла Карманова, Александра Хубеева, Николая Попова). В сезоне 2023/2024 г. музыканты исполнили все квартеты Дмитрия Шостаковича, дополнив цикл сочинениями его современников.
Станислав Малышев играл на крупнейших мировых сценах — в берлинском Konzerthaus, парижском Cité de la musique, Большом зале Московской консерватории, Концертном зале им. Чайковского, Большом зале «Зарядье» — а также был участником авторитетных международных фестивалей: La Biennale Di Venezia, Beethoven Fest, Nice Manca Musical Festival, St. Gallen.
Как дирижер Малышев выступал со «Студией новой музыки», симфоническим оркестром республики Татарстан, работал с Камерным хором Московской консерватории и оркестром «Новая музыка». Он также был дирижером-постановщиком опер Моцарта «Дон Жуан» и «Волшебная флейта». В рамках фестиваля актуальной музыки SOUND UP Малышев впервые в России исполнил монопрограмму из сочинений Габриэля Прокофьева, сделал московскую премьеру его ключевого произведения Concerto for Turntables, а также осуществил российские премьеры партитур знаменитого исландского композитора Йохана Йоханнссона.
Основу творчества Станислава — и в скрипичном и в дирижерском амплуа — составляет современный репертуар. В 2019 году Малышев создал коллектив из молодых музыкантов OpensoundOrchestra, в котором объединил лучших музыкантов Москвы, ориентированных на интерпретацию новейшей музыки. Вместе с оркестром он активно продвигает творчество молодых российских авторов, в том числе Ильи Демуцкого, Анны Поспеловой, Марии Аникеевой, Александра Хубеева, Владимира Горлинского, сотрудничает с композиторами-мэтрами старшего поколения — Владимиром Мартыновым, Юрием Каспаровым, Эдуардом Артемьевым.
С OpensoundOrchestra Станислав Малышев исполнил мировые и российские премьеры симфонических произведений Габриэля Прокофьева («Breaking Screens», 2020), Кристиана Ярви («Frozen Tears», 2020), Владимира Мартынова («Рождественский Вертеп», 2022; «Благая весть», 2023), Сергея Ахунова (балет «Литургия», 2023), Николая Попова («Миражи», 2023), Андрея Зеленского («Sem-La», 2023), Стивена Госса («Венецианский карнавал», 2023). Ярким дирижерским проектом Станислава совместно с OpensoundOrchestra стало исполнение коллективного опуса Константина Комольцева, Сергея Зятькова, Антона Светличного и Андрея Бесогонова «Новые времена года» (2021).
Станислав Малышев неоднократно записывал саундтреки к популярным фильмам. Игру оркестра под его руководством можно услышать в таких кассовых хитах, как «Холоп 2», «Чебурашка», «Белый снег», «Один вдох», «Вызов», «Мастер и Маргарита». Также музыкант сотрудничает с джазовыми исполнителями — LRK Trio, Антон Давидянц, Дмитрий Илугдин, Marimba Plus. В в числе академических исполнителей, в разные годы сотрудничавших со Станиславом, — Алексей Любимов, Татьяна Гринденко, Владимир Репин, Надежда Павлова, Дмитрий Илларионов, Борис Андрианов, Елена Ревич, Артем Дервоед, Николай Сивчук, Максим Пастер, Полина Осетинская, Михаил Дубов, Яна Дьякова и другие звезды российской и мировой сцены.